员工奖金被扣，公立医院科室主任这样操作合法

不合法。依据《劳动法》，奖金属劳动报酬，不得克扣。不及时处理可能导致员工权益受损，劳动关系紧张。
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常见处理方式为投诉或仲裁。若奖金被扣，可先与单位沟通；沟通无果，则向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自身权益。
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不合法。处理方式：1.与单位沟通，要求解释扣款原因并恢复奖金；2.若沟通无果，收集证据，如工资条、奖金制度等；3.向劳动监察部门投诉，提交证据材料；4.如需，可申请劳动仲裁，通过法律途径维权。